Durch massive Wassereinbrüche im Kupferschieferbergbau des etwa 15 km entfernten Sangerhäuser Reviers und die damit verbundene enorme Senkung des Karstwasserspiegels wurden der Stausee und die am Südufer befindliche Numburghöhle im Oktober 1988 trockengelegt. Die Solquellen an der Numburg versiegten und im Beckenbereich des Stausees traten eine Reihe großformatiger Erdfälle auf.
Außer zum Hochwasserschutz wird der Stausee Kelbra seit seinem Bestehen touristisch genutzt. Es bestehen z.B. Möglichkeiten zum Wassersport und zum Camping (Informationen zum Seecampingplatz und Strandbad (externer Link)).
Große Bedeutung erlangte der Stausee auch durch seinen außerordentlich großen Vogelbesatz, der hinsichtlich Arten- als auch Individuenzahl die Besiedlung vergleichbarer Gewässer übertrifft. So sind hier zuverlässig Enten (z. B. Stock-, Krick-, Tafelente), Watvögel (Kiebitz, Bekassine, Rotschenkel, Großer Brachvogel), Taucher (Hauben-, Zwerg-, Schwarzhalstaucher), Rallen (Wasserralle, Blässhuhn), Höckerschwan, Lachmöwe und Dommeln (Zwergohr- und Große Rohrdommel) zu beobachten. Aber auch Seeadler, Fischadler, Wanderfalken und Kormorane sind hier anzutreffen. Besonders beeindruckend ist der Vogelbesatz während des Vogelzuges, wo am Stausee bis zu 10.000 Kraniche rasten und große Lerchen- und Finkenschwärme durchziehen.
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