Gegen Ende des 19. Jahrhunderts befand sich die Kirche in einem sehr desolaten Zustand, der eine umfassende Restauration erforderlich machte. Dabei wurde das Apsisgemälde aus dem 13. Jahrhundert erneuert, Mauer- und Zimmerarbeiten durchgeführt, der Putz erneuert, neues Gestühl und eine - später wieder entfernte - Kanzel eingebaut und ein (heute verschollenes) buntes Glasfenster aus der Kunstglaserei Müller / Quedlinburg eingesetzt. Die Wiedereröffnung der Altstädter Kirche nach dieser Restauration erfolgte am 20.04.1890.
Ein weiterer Umbau erfolgte zwischen 1933 und 1938. Dabei wurden u. a. die Apsis mit einem Ölanstrich versehen, an den Wänden ein Meter hohe Paneele angebracht, die barocke Tonne über dem Gemeinderaum durch eine Flachdecke ersetzt, eine Gasheizung und neues Gestühl eingebaut und westlich ein stilistisch störender Anbau geschaffen, der den Aufgang zur Empore aus dem Gemeinderaum herausnahm und noch heute der Eingang in die Altstädter Kirche ist. Die Einweihung nach diesem Umbau erfolgte 1938.
1954 nahm sich eine kleine Gruppe der inzwischen wieder völlig vernachlässigten Kirche an. Kurz darauf wurde die Altstädter Kirche bevorzugt bei Eheschließungen und Kindstaufen, aber auch für Sonntagsgottesdienste - für die es in den Wintermonaten in der Unterkirche zu kalt war - genutzt.
Bis zur nachweislich dritten Einweihungsfeier der Kirche am 10. September 1960 wurden z. B. Dachdeckerarbeiten durchgeführt, das Fachwerk repariert, eine elektrische Beleuchtungsanlage eingebaut, die Gasheizung an die städtische Gasleitung angeschlossen und die Scheiben der Seitenfenster erneuert. Nach 1966 wurde durch die Steinmetzfirma Bringezu ein (allerdings kaum sehenswerter) Altar gesetzt.
In den Folgejahren geriet die Altstädter Kirche wieder in Vergessenheit und diente zwischenzeitlich sogar als Baustofflager. Ab 1993 wurden durch die Denkmalpflege stufenweise Mittel bewilligt, die eine Erhaltung dieser liebenswerten Kirche für die nächsten Jahre ermöglichen. Nach dem Verputzen und Streichen der Seitenwände des Chores und anderen dringend notwendigen Arbeiten konnte die vierte feierliche Wiedereinweihung der St. Petri-Kirche am 15 .Mai 2002 stattfinden.
Bei einem Besuch der Altstädter Kirche fällt vor allem die Wandmalerei in der Halbkuppel der Apsis auf. Das Gemälde zeigt in der Bildmitte Christus mit den Wundmalen auf einem Regenbogen, sitzend in der mandelförmigen Glorie dargestellt. Die rechte Hand ist segnend erhoben. Sein Mantel ist am Mittelkörper weit auseinander geschlagen, damit die Brustwunde sichtbar ist. Links im Bild ist die Einführung der Seligen ins Paradies dargestellt. Am linken Bildrand ist die Paradiespforte angedeutet. Davor steht Petrus mit dem Himmelsschlüssel, den ruhig Entgegenkommenden (u. a. ein König, ein Bischof, ein Mönch und andere) zugewandt. Rechts der Glorie befindet sich eine Gruppe von Verdammten. Zu dieser Gruppe gehören u. a. ein Kaiser und viele Frauen, zumeist mit klagend erhobenen Händen. Diese Gruppe ist durch eine starke Kette miteinander verbunden.
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